Die Kommission führt jedes Jahr internationale Expertengespräche zu einschlägigen Themen abwechselnd in Russland und in Deutschland durch, welche auch die Ergebnisse und die Grundsatzprobleme der wissenschaftlichen Zusammenarbeit erörtern. Insgesamt wurden von der Kommission seit ihrer ersten Sitzung im September 1999 Kolloquien mit folgenden thematischen Schwerpunkten durchgeführt:
 

• 1999, September (Berlin): Der Weg in den Zweiten Weltkrieg 
• 2000, Juni (Berlin): Geschichte des Moskauer Vertrags von 1970
• 2002, Juli (Berlin): Vor 60 Jahren – Von der Kriegswende zum Ende des Zweiten Weltkrieges ("Mitteilungen", Band 2)
• 2003, September (Moskau): Die Sowjetunion und Deutschlands Vereinigung  ("Mitteilungen", Band 3)
• 2004, Juli (München): Resistenz, Opposition, Widerstand im Diktaturenvergleich  ("Mitteilungen", Band 3)
• 2005, Juni (Saratov): Der Zweite Weltkrieg in der Geschichtswissenschaft und Erinnerungskultur in Deutschland und Russland ("Mitteilungen", Band 4) 
• 2006, Juli (Berlin): Die russische Emigration in Deutschland, die deutsche Emigration in Russland im 20. Jahrhundert  ("Mitteilungen", Band 4)
• 2007, August (Svetlogorsk): Systemumbrüche in der deutschen und russischen Geschichte im 20. Jahrhundert (Onlinepublikation)
• 2008, Juli (Konstanz): Erinnerung und historisches Gedächtnis (Onlinepublikation)
• 2009, Juli (Moskau): Die Tragödie Europas: Von der Krise des Jahres 1939 bis zum Angriff auf die UdSSR ("Mitteilungen", Band 5)
• 2010, Juli (Dresden): Die ‚Deutsch-Sowjetische Freundschaft‘ in der DDR – Anspruch und Wirklichkeit
• 2011, Juli (Sankt-Petersburg): Deutschland, die Sowjetunion und der Kalte Krieg 1945 bis 1989
• 2012, Juli (Hamburg): Deutsch-Russische Kulturbeziehungen im 20. Jahrhundert – Einflüsse und Wechselwirkungen (Programm; "Mitteilungen", Band 6)
• 2013, Juli (Moskau): Vom Krieg zur Revolution – Die gesellschaftliche Entwicklung in Deutschland und Russland von 1914 bis 1919 (Programm; "Mitteilungen", Band 7)
• 2014, Oktober (Berlin): Der Erste Weltkrieg. Ursachen und Folgen (Programm; "Mitteilungen", Band 7)
• 2015, Juli (Moskau): Imperien, Nationen, Regionen: Imperiale Konzeptionen in Russland und Deutschland zu Beginn des 20. Jahrhunderts (Programm, "Mitteilungen", Band 8)
• 2016, Juli (Bonn): Deutsche und sowjetische Gesellschaften im ersten Nachkriegsjahrzehnt: Traumata und Hoffnungen (Programm; "Mitteilungen", Band 9)
• 2017, Juli (Moskau): Die Russische Revolution 1917 (Programm; "Mitteilungen", Band 10)
• 2018, Juli (München): Die Novemberrevolution im deutsch-russischen Kontext (Programm; "Mitteilungen", Band 10)
• 2019, Juli (Voronež): Die deutsch-sowjetischen Wirtschaftsbeziehungen 1917–1991 (Programm) 
• 2021, Juli (Lüneburg): Der deutsche Überfall auf die Sowjetunion 1941: neue Dokumente, Perspektiven, Forschungsansätze (Programm; Aufzeichnung)

Die Ergebnisse der Kolloquien werden in deutscher und russischer Sprache in den Mitteilungen der Kommission dokumentiert.